La Congrégation de l’Ombre, organisation reliée à l’Église, combat depuis plus de 7000 ans le
Comte Millénaire et ses sbires. Leur seule arme, l’Innocence, ne peut être manipulée que par de
rares élus, les exorcistes. Leur but est de rassembler les fragments d’innocence anciennement
présents dans le Cube et ainsi vaincre le Comte et empêcher le retour des « trois jours de
ténèbres ».



Allen Walker, jeune exorciste et élève du maréchal Cross, rejoint le Quartier Général et y rencontre Lenalee Lee, Kanda Yû, les membres de la section scientifique ainsi que Komui Lee, le dirigeant du QG. Son innocence (endommagée par Kanda lors de son arrivée) est réparée puis examinée par Hevlaska qui qualifie alors l’innocence d’Allen de « destructeur du temps ».
Peu après, Allen est envoyé en mission avec Kanda à Matera. Ils y retrouvèrent une innocence
cachée au coeur d’une poupée de porcelaine, Lala.


De nombreuses missions s’ensuivirent. Allen fit la connaissance d’autres exorcistes comme Lavi, Bookman, Miranda, Krory, Suman Dark, Marie ainsi que le maréchal Yeegar.
À ses dépends, il rencontra aussi les Noés, puissants alliés du Comte Millénaire, qui mirent en
péril à plusieurs reprises la réussite de ses missions. (Road, Lulubell)
Alors qu’Allen et Lenalee sont envoyés à la recherche du maréchal Cross (introuvable depuis des années), le Comte Millénaire décide de se mettre activement à la recherche du Coeur et envoie de nombreux Akumas et Noés aux trousses des maréchaux afin de les tuer et de détruire leurs innocences.
Le maréchal Yeegar est assassiné par Tyki Mikk et Road. Des dizaines d’autres exorcistes furent abattus, en grande majorité par Tyki Mikk qui tua tout ceux qu’il rencontra. (Daisya Barry, Kazana Reed…).


Suman Dark fit un pacte avec Tyki pour rester en vie et devint un déchu, exorciste rejeté et
progressivement détruit par sa propre innocence pour trahison. Allen tenta de le sauver et de
stopper sa destruction, en vain, se retrouvant devant le corps sans vie de son ancien camarade.
Tyki fit alors son apparition, détruisant totalement le corps de Suman avec ses papillons
carnivores. Il vainquit Allen, lui arracha le bras et détruisit son innocence sous ses yeux. Il le laissa ensuite pour mort après avoir fait un trou dans son coeur.



Lenalee et Lavi partent à la recherche d’Allen (guidés par Timcanpy) et ne retrouvent que des
restes. Ils reprennent la route vers Edo pour retrouver le maréchal Cross.
Allen se réveille sur un lit d’infirmerie dans la branche asiatique de la Congrégation. Il rencontre Fo, un esprit protecteur, et Bak, le dirigeant de la branche, qui décident de l’aider à retrouver son innocence grâce à un entrainement intensif.

Pendant ce temps, Lenalee engage un combat maritime contre un Akuma de niveau 3
particulièrement puissant. Elle est presque tuée, ses cheveux sont brûlés et elle se retrouve
enfermée dans un cristal. Ses camarades supposent alors qu’elle pourrait être le Coeur.
Apprenant la survie d’Allen, Tyki envoie un akuma dans la branche asiatique pour le tuer.
Fo combat l’akuma en prenant l’apparence d’Allen, lui ordonnant de s’enfuir.
Arrivant à Edo, Lenalee, Lavi, Krory et Bookman attaquent le Comte Millénaire, Jasdebi, Skin et Tyki qui sont alors accompagnés de milliers d’Akumas. Tyki leur apprend la survie d’Allen. Peu après, Kanda, Marie et le maréchal Tiedoll rejoignent la bataille. Lors d’une attaque puissante, le Comte rase Edo. Lenalee est de nouveau protégée par le mystérieux cristal. Le Comte évoque à son tour la possibilité qu’elle possède le Coeur et décide de détruire son innocence alors que Tyki affronte Kanda et que Skin affronte Lavi.
Allen, même sans son innocence, décide d’aller sauver Fo et de combattre l’Akuma lui-même. Son innocence se réveille finalement et apparaît sous une nouvelle forme, Crown Clown. Allen détruit l’akuma et emprunte l’Arche de Noé pour se rendre à Edo.
Alors que le Comte s’en prend à Lenalee, Allen intervient et le combat, parvenant à lui asséner un coup et à le chasser, changeant la tendance.
Les Noés fuient, le groupe prend du repos non loin du champ de bataille.
Soudainement, un portail s’ouvrit en dessous de Lenalee et l’aspira. Allen, Kanda, Krory, Lavi et Chaoji se jetèrent dedans pour la secourir.
Ils furent emmenés et enfermés dans l’Arche de Noé.



Le groupe chercha une sortie mais n’en trouva pas. Tyki apparut et les mit au défi d’atteindre la partie la plus haute de l’Arche avant que celle-ci ne soit détruite (leur laissant donc 2 heures) puis disparut aussitôt.
Ils se mirent en route et affrontèrent plusieurs ennemis.
Kanda affronta et tua Skin (mais n’eut pas la force de quitter la pièce avant que celle-ci ne
s’effondre), il devint le seul exorciste à avoir tué un Noé.
Krory affronta Jasdebi et remporta de peu la victoire. Il ne put quitter la pièce avant l’effondrement.


Lenalee, Allen, Lavi et Chaoji atteignirent le haut de l’Arche où les attendaient Tyki et Road.
Road affronta Lavi tandis que Tyki s’occupa d’Allen pour « une dernière danse ».
Après un long et rude combat, Allen exorcisa Tyki. (Retire tous ses pouvoirs, il refuse de tuer un humain). Road, furieuse d’avoir perdu toute sa famille, força Lavi à combattre Allen en menaçant
les vies de Lenalee et Chaoji.
Lavi reprend finalement ses esprits et parvint à vaincre Road.
Le groupe se dirige vers la porte de sortie. Malheureusement, elle est détruite par Tyki avant qu’ils n’aient pu l’atteindre. Il est de nouveau sur pieds, complètement contrôlé par le Noé en lui.
Il affronte Allen et Lavi et les domine totalement.
Chaoji se révèle être un compatible et protège Lenalee.


Le maréchal Cross fait son apparition et sauve Allen. Il bat Tyki avec une facilité déconcertante. Le Comte Millénaire apparaît à son tour et sauve Tyki.
Le sol se désagrège, Lavi et Chaoji tombent dans le vide, Allen ne parvient pas à les sauver.
Le Comte disparaît, laissant les exorcistes disparaitre avec l’Arche. Le maréchal emmène Lenalee et Allen dans une pièce spéciale contenant l’Oeuf permettant de créer les Akumas. Il leur apprend que sa mission est de voler cet oeuf.
Il envoie Allen dans une pièce spéciale où il rencontre une mystérieuse ombre qui semble être son
reflet. Il joue du piano et parvient à restaurer l’Arche, sauvant par la même occasion Kanda, Krory, Lavi et Chaoji.
Ils rentrent sains et saufs à Edo puis au Quartier Général. Les innocences de Kanda et Lavi sont momentanément inutilisables.




L’inspecteur Luberrier met en place une réunion réunissant les maréchaux ainsi que les chefs de branche. Il met au clair les événements survenus dans l’Arche ainsi que les activités de Cross. Il évoque le 14ème Noé, accuse Cross d’être l’un de ses partisans et prétend qu’Allen est son successeur, il souhaite donc le soumettre à un jugement pour hérésie (qui revient à une peine de mort). Allen n’a plus le droit d’approcher le maréchal Cross et est surveillé par un corbeau, Link.


Les scientifiques étudient l’oeuf Akuma afin d’en apprendre plus sur eux et le Comte. Cependant, une Noé, Lulubell, est envoyée pour le récupérer. Elle tue la plupart des scientifiques. Elle est arrêtée par Allen avec l’aide de Miranda ainsi que des maréchaux. Un Akuma de niveau 4 apparait, il détruit une grande partie du QG avant d’être détruit par Allen, Lenalee et le maréchal Cross.

Saison 2 - nouveau QG

Allen et Cross s’entretiennent sous les yeux des corbeaux ainsi que ceux de Lavi et Bookman.
Allen n’est pas le successeur du 14ème, il est le 14ème. On apprend que le 14ème est le frère de Mana Walker, le père adoptif d’Allen. Selon Cross, le 14ème prendra obligatoirement le contrôle du corps d’Allen.
Le soir même, Cross est assassiné. Son corps disparaît, laissant pour seuls indices son masque, une quantité effrayante de sang ainsi que son innocence. Luberrier suspecte Allen, celui-ci lui retourne l’accusation.


Allen rencontre les 3ème génération (Madarao, Tokusa…), humains transformés en armes grâce à des cellules d’Akuma. Ils détruisent totalement les âmes des akumas, ce qui déplait fortement à Allen.
Alors qu’ils en débattent, ils sont attaqués par les Noés. (Tyki, Sheryl, Tryde..) Le QG est assiégé par le Comte et le clan Noé entier.
Le 14ème prend un instant le contrôle du corps d’Allen et menace de mort le Comte.
Kanda et Allen sont envoyés par Wisely dans les souvenirs de Kanda puis ceux d’Alma, son ami d’enfance et ancien amour.


Alma, présumé mort par Kanda, est réveillé et se déchaîne, se transformant en un Akuma
surpuissant. Kanda l’affronte et est interrompu par Allen qui s’interpose. Il le taille avec Mugen et réveille le 14ème qui se déchaîne à son tour.
Le 14ème apparait dans l’esprit d’Allen et se présente comme Neah, « celui qui détruira toute
chose ».
Lorsqu’Allen reprend ses esprits, il réunit Kanda et Alma et leur permet de fuir à Matera où Alma meurt dans les bras de Kanda. Kanda est supposé mort.
La fureur des 3èmes génération n’est pas stoppée, Luberrier menace Allen, mais celui-ci n’obéit pas. Les Noés repartent et emportent les 3èmes génération.
Allen est défait de son titre d’exorciste et est mit en prison. Une créature surhumaine, Apocryphos, s’en prend alors à lui et à Link. Tyki et Road arrivent juste à temps pour le secourir. Ils s’en sortent de justesse, Road est gravement blessée. Link est presque tué.
Après une courte discussion avec Allen, Tyki s’enfuit, Road disparaît.
Les maréchaux et exorcistes sont lancés à la poursuite d’Allen, Lenalee le rattrape en premier et ne parvient pas à le retenir.
Allen fuit toujours Apocryphos, Kanda retourne à la Congrégation et fait évoluer son innocence en type cristallin.
Lavi et Bookman sont captifs des Noés.