Plusieurs centaines d'années avant l'histoire principale, un artefact connu sous le nom de "Cube" a été trouvé par l'humanité. Ce Cube a été laissé par une civilisation ancienne après une guerre de sept mille ans contre le Comte Millénaire. Le Cube raconte comment le Comte a été tenu à distance et comment les générations futures seront en mesure de lutter contre le Comte quand il reviendra pour tenter de détruire le monde à nouveau.
Lorsque le Comte a réapparu, la Congrégation a été fondée par le Vatican.

La Congrégation de l'Ombre a quatre missions principales :

Recueillir l'Innocence.
Trouver et former les compatibles.
Localiser le Cœur.
Battre le Comte Millénaire et les Noés dans la confrontation finale.


Il y a sept branches de la Congrégation de l'Ombre (Europe, Asie, Moyen-Orient, Afrique, Amérique du Nord, Amérique du Sud et Océanie) et chaque branche est supervisée par un chef de service (ex : Le chef de la Branche Asiatique est Bak). Toutes les branches dépendent des ordres venant de la branche européenne, alias Siège, où le chef de la branche est Komui Lee.
Chaque branche de la Congrégation de l'Ombre a sept départements différents, chacun supervisé par un chef de section, et chacun avec leurs propres fonctions :

Codage par Libella sur Graphiorum

Les Exorcistes sont considérés comme les élus de Dieu. Appelés aussi moines de l'ombre, Ils sont reconnaissables à leurs longs habits noirs et à la croix de rosaire en argent massif cousue sur leur manteau, un peu au-dessus de la poitrine, au niveau de l'épaule gauche. Ils sont les soldats de la Congrégation de l'Ombre, répartis sous plusieurs unités. Chacune des unités correspond à un Maréchal : Cross Marian, Froi Tiedoll, Winters Sokaro, Cloud Nine et Yû Kanda. Ces Maréchaux sont eux-mêmes sous l'ordre de Grands Maréchaux.
La mission des exorcistes est de détruire les Akumas, libérant ainsi l'âme prisonnière qui peut alors reposer en paix ; et de trouver les 109 Innocences dispersées dans le monde.

Les Innocences furent créées il y a 7000 ans et ont été utilisées pour vaincre une première fois le Comte Millénaire, mais malgré cette victoire, la Terre paya un lourd tribut, cet épisode a été nommé dans la Bible, le Déluge, qui dura 40 jours.

Les Innocences sont des armes anti-Akuma aussi appelées "cristal divin". Pour qu'elles fonctionnent, il faut qu'elles soient en possession d'une personne compatible, qui deviendra un Exorciste.
Si jamais Dieu est renié ou oublié par un exorciste, mais également s'il se trahit lui-même, l'Innocence le rejettera, le transformant en une bête de destruction massive avant de finir de consumer son énergie vitale pour finir par le tuer. Les raisons de l’innocence sont parfois nébuleuses mais trois ressortent principalement :

• Si un non-compatible force une innocence à le choisir comme porteur.

• Si le compatible trahit son cœur. C’est à dire, qu’il trahisse ses principes profonds, ses amis, ses idéaux…

• Si le compatible trahit l’innocence en permettant à un Noah de détruire une innocence ou bien d’aider des Noahs/Akumas de faire un massacre d’innocents.

Les différents types d'innocences :

Innocence de type symbiotique ou parasite, qui est directement dans le corps de l'exorciste. Les exorcistes possédant une Innocence de type symbiotique, comme Allen Walker ou Arystar Krory, sont immunisés contre le poison des Akumas mais sont consumés par l'Innocence, réduisant grandement leur durée de vie. Il y aurait peut être une différence entre le type parasite et le type symbiotique : en effet, le symbiotique concernerait une partie du corps qui contiendrait l'Innocence, tandis que le parasite pourrait être autre qu'une partie du corps, comme le singe de Cloud Nine ou le Tombeau de Maria de Cross Marian. Du fait de sa caractéristique à modifier le corps, les types symbiotiques ont souvent été rejetés par la population et traité de monstre, ce fut le cas d'Allen et Krory qui ont toujours été seuls avant de rencontrer des gens liés au monde des akumas.

Innocence de type équipement, qui se trouve dans un objet que possède l'exorciste comme le katana de Kanda, les bottes de Lenalee ou encore le maillet de Lavi. Les Innocences de ce type peuvent évoluer, on parle alors d'Innocence de type cristallin.

Innocence de type gardien, c'est le cas de l'Innocence de Hevlaska, c'est une innocence encore unique à ce jour.

Innocence de type cristallin, qui est une innocence de type équipement qui se transforme en innocence semblable à celles de type symbiotique. Pour cela l'Innocence doit avoir une volonté particulière qui consiste à protéger ou à aider son utilisateur et ce dernier doit avoir la même volonté et utilise le sang du porteur.

Innocence de type Autonome, il n'y en existe qu'une seule dénommée Apocryphos  elle n'a pas besoin d'être liée à un exorciste, sa seule fonction et but est de protéger le cœur, par conséquent elle est recherchée par le clan Noé depuis 7000 ans, sa présence signifiant la présence proche du Cœur. Contrairement aux autres innocences qui peuvent être détruites par les Noé, Apocryphos ne souffre pas de ce handicap et mettra à mal Tyki Mikk et Road Kamelot en les combattant. Apocryphos est l'équivalent de la faucheuse pour les Noah. Elle ne semble pas être une alliée pour autant.

L'une d'elles, « le Cœur », est la source de toute Innocence, si elle est détruite, toutes les Innocences le seront. Elle est recherchée par la Congrégation de l'Ombre et par le Comte Millénaire.

Il existe également plusieurs "races" d'exorcistes :

- Les exorcistes "normaux" (de première génération), compatibles avec l'innocence.
- Les exorcistes de deuxième génération, créés par la Congrégation.  Les exorcistes de deuxième génération ont la faculté de se régénérer. De ce fait, le virus des Akumas ne les affecte pas, tout comme un symbiotique.
- Les exorcistes de troisième génération, des "semis-Akumas" qui ont fusionné au niveau cellulaire avec l'œuf à Akuma et sont donc partiellement changés en ceux-ci. Alma Karma, après avoir subie cette même transformation, leur a transmis son patrimoine génétique, il est la "matrice". À la fin de leurs vies, ils deviennent eux-mêmes matrice et donnent naissance à des nouveaux exorcistes de troisième génération, perpétuant ainsi le cycle de vie de leur race. Ces exorcistes ne possèdent pas d'innocence, de ce fait un akuma détruit par un troisième génération voit l’âme qu'il contient disparaître avec lui, ce qui fut constaté par Allen, grâce à son œil maudit. Tous les exorcistes de troisième génération ont été exterminés ou réduits à l'état d'outil par le comte Millénaire à cause de leur partie Akuma.

Comment devient-on un exorciste ?


Alors... soit on nait avec dans le cas des symbiotiques, soit un maréchal vient vers vous pour vous signaler que vous êtes compatibles avec une innocence et vous embarque. La troisième façon : vous tombez un peu par hasard sur un objet que seul vous pouvez faire fonctionner ou auquel vous tenez particulièrement (et surprise c'est une innocence) ou bien un animal qui tient tout particulièrement à vous (et là aussi surprise). Bon, c'est plus comment devenir porteur d'innocence là...
Dans tous ces cas, pour être officiellement un exorciste de la Congrégation, il faut qu'un exorciste officiel ou qu'un maréchal vous trouve et vous amène à la Congrégation pour que Hevlaska vous examine. Si cela n'est pas fait, vous êtes certes un porteur d'innocence, mais vous n'êtes pas un exorciste reconnu (ce qui n'empêche absolument pas que l'ennemi vous attaque !).

Les Mimésis
Ils sont des possesseurs d'innocences et ont compris l'existence de la guerre entre le Comte Millénaire et l'humanité. Ils savent utiliser leur innocence et ont décidé de parcourir le monde pour se battre ou simplement de défendre l'endroit où ils sont.
La plupart sont également au courant de l'existence de l'Ordre Noir mais ont décidé de ne pas les rejoindre, ne voulant pas être affiliés à l'Église, pour rester libre ou simplement parce qu'ils les connaissent assez bien pour ne pas accepter leurs mœurs...

Codage par Libella sur Graphiorum